MATLAB Answers

How can I segment part of image?

2 views (last 30 days)
Veronika
Veronika on 20 Mar 2017
Dear all,
I have image of thorax and I would like to create binarization image of lungs, but separately for right and for left lung. I have been successful only for right lung. I would like to binarization separately also left lung, but I don´t know, where I did mistake.
This is my code:
fontSize = 15;
baseFileName = '110.jpg';
% baseFileName = 'thorax-mdl.jpg';
folder = pwd
fullFileName = fullfile(folder, baseFileName);
% Načtení obrazu.
grayImage = imread(fullFileName);
grayImage_pater = imread (fullFileName);
% Dimenze obrazu.
% ***
[rows, columns, numberOfColorChannels] = size(grayImage);
if numberOfColorChannels > 1
% Máme barevný obraz, musíme ho převést na černobílý = vybereme zelený kanál
grayImage = grayImage(:, :, 2); % zelený kanál
end
eq_grayImage = histeq(grayImage);%ekvalizace pomocí histogramu obrazu
[rows, columns, numberOfColorChannels] = size(grayImage_pater);
if numberOfColorChannels > 1
% Máme barevný obraz, musíme ho převést na černobílý = vybereme zelený kanál
grayImage_pater = grayImage_pater(:, :, 2); % zelený kanál
%grayImage_pater(425:end, :) = 0;
end
eq_grayImage_pater = histeq(grayImage_pater);%ekvalizace pomocí histogramu obrazu
% Zobrazení obrazu.
figure(1)
imshow(grayImage, []);
axis on;
caption = sprintf('Originální černobílý obraz, %s', baseFileName);
title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');
drawnow;
hp = impixelinfo();
% Nastavení obrazu.
% Zvětšení obrazu na celou obrazovku.
set(gcf, 'Units', 'Normalized', 'OuterPosition', [0 0 1 1]);
% Odstranění panelu nástrojů a rozbalovacího menu.
set(gcf, 'Toolbar', 'none', 'Menu', 'none');
% Přidání titulku okna.
set(gcf, 'Name', 'Segmentace', 'NumberTitle', 'Off')
thresholdValue = 120;
binaryImage = grayImage < thresholdValue;
% Odstranění okolí.
binaryImage = imclearborder(binaryImage);
% Vyplnění otvorů.
binaryImage = imfill(binaryImage, 'holes');
labeledImage = bwlabel(binaryImage);
rightLung = ismember(labeledImage, 1);
leftLung = ismember(labeledImage, 2);
%Roztažení binárního obrazu pro přesnější segmentaci
se = strel('line',5,100);
rightLung= imdilate(rightLung,se);
%Roztažení binárního obrazu pro přesnější segmentaci
se = strel('line',5,100);
leftLung= imdilate(leftLung,se);
thresholdValue = 199;
% thresholdValue = 220;
binaryImage_pater = grayImage_pater > thresholdValue;
% Odstranění okolí.
binaryImage_pater = imclearborder(binaryImage_pater);
% Vyplnění otvorů
binaryImage_pater = imfill(binaryImage_pater, 'holes');
%Práh pro vytvoření binárního obrazu okolí
% Práh pro vytvoření binárního obrazu okolí
thresholdValue = 180;
binaryImage_okoli = eq_grayImage > thresholdValue;
% Odstranění okolí.
binaryImage_okoli = imclearborder(binaryImage_okoli);
% Vyplnění otvorů.
binaryImage_okoli = imfill(binaryImage_okoli, 'holes');
% Vymazání menších otvorů.
binaryImage_okoli = bwareaopen(binaryImage_okoli, 750);
%Roztažení binárního obrazu pro přesnější segmentaci
se = strel('line',5,100);
binaryImage_okoli= imdilate(binaryImage_okoli,se);
subplot (2, 3, 3)
imshow(binaryImage, []);
axis on;
caption = sprintf('Binární obraz plic');
title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');
labeledImage = bwlabel(binaryImage);
rightLung = ismember(labeledImage, 1);
leftLung = ismember(labeledImage, 2);
subplot (2, 3, 4)
imshow(leftLung, []);
axis on;
caption = sprintf('Binární obraz levé plíce');
title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');
subplot (2, 3, 5)
imshow(rightLung, []);
axis on;
caption = sprintf('Binární obraz pravé plíce');
title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');
subplot (2, 3, 1)
imshow(binaryImage_okoli, []);
axis on;
caption = sprintf('Binární obraz okolí');
title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');
save binaryImage_okoli binaryImage_okoli
subplot (2, 3, 2)
imshow(binaryImage_pater, []);
axis on;
caption = sprintf('Binární obraz páteře');
title(caption, 'FontSize', fontSize, 'Interpreter', 'None');
I attach my original image. Thank you for your answers.

  0 Comments

Sign in to comment.

Answers (0)


Translated by