Catrex GUI

Versión 1.0.0 (444 KB) por Jesus Perez
Graphical user interface to extract calcium transients from imaging experiments. Get raster of neuronal activity from a raw tiff file.
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Actualizado 28 jul 2020
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GUI in MATLAB for automated calcium transients extraction from imaging experiments.

1. Load tiff file with the sequence of images acquired.
2. Perform non-rigid (or rigid) motion correction.
3. Find cells based on Suite2P algorithm (Pachitariu et al., 2016).
4. Evaluate ROIs identified (area, circularity, perimeter, eccentricity and overlapping).
5. Extract calcium transients using local neuropil as the basal of fluorescence.
6. Evaluate peak signal-to-noise ratio (PSNR).
7. Perform spike inference (foopsi; Friedrich & Paninski, 2016).
8. Get raster activity, a binary matrix where each row is the activity of a single ROI.

Output of a structure variable with all data analyzed

Citar como

Jesus Perez (2024). Catrex GUI (https://github.com/PerezOrtegaJ/Catrex_GUI/releases/tag/V1.0.0), GitHub. Recuperado .

Compatibilidad con la versión de MATLAB
Se creó con R2020a
Compatible con cualquier versión
Compatibilidad con las plataformas
Windows macOS Linux
Categorías
Más información sobre Microscopy en Help Center y MATLAB Answers.
Agradecimientos

Inspirado por: Suite2P, CaImAn

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Versión Publicado Notas de la versión
1.0.0

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