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showmask

Mostrar superposición de máscara enbigimageshow

Descripción

showmask(b,mask) superpone una máscara en un objeto, , en el nivel de resolución más fino de los grandes datos de imagen.bigimageshowb

  • Bloques de la máscara que superan un porcentaje mínimo de píxeles distintos de cero (de forma predeterminada, 50%) se muestran con un tinte verde. Estos bloques se consideran ROI y se seleccionarían para su procesamiento por la función de .applybigimage

  • Los bloques de la máscara por debajo del porcentaje mínimo de píxeles distintos de cero se muestran con un tinte rojo. Estos bloques se consideran fondo y no serían procesados por la función.apply

ejemplo

showmask(b,mask,level) superpone una máscara en un objeto, , en el nivel de resolución especificado de los datos de imagen grande.bigimageshowb

showmask(___,Name,Value) modifica la apariencia de los bloques de máscara mediante argumentos de par nombre-valor.

Ejemplos

contraer todo

Cargue una imagen grande. Este ejemplo utiliza una versión modificada de la imagen "tumor_091.tif" del archivo .Conjunto de datos CAMELYON16 La imagen original es una imagen de entrenamiento de un ganglio linfático que contiene tejido tumoral. La imagen original tiene ocho niveles de resolución, y el nivel más alto tiene resolución 53760-por-61440. La imagen modificada tiene solo tres niveles de resolución gruesa. La referencia espacial de la imagen modificada se ha ajustado para aplicar una relación de aspecto coherente y registrar entidades en cada nivel.

bim = bigimage('tumor_091R.tif'); 

Muestre toda la imagen grande en el nivel de resolución más fino. Mostrar una cuadrícula de los límites del bloque.

bshow = bigimageshow(bim,'GridVisible','on','GridLevel',1); 

Determine el nivel de resolución más grueso y la referencia espacial del nivel en ese nivel.bigimage

clevel = bim.CoarsestResolutionLevel; clevelLims = bim.SpatialReferencing(clevel); 

Cree una máscara del nivel de resolución más grueso siguiendo estos pasos:

  1. Obtenga una imagen de una sola resolución del nivel de resolución más grueso.

  2. Convierta la imagen a escala de grises.

  3. Binarize la imagen. En la imagen binarizada, el objeto de interés es negro y el fondo es blanco.

  4. Tome el complemento de la imagen binarizada. La máscara resultante sigue la convención en la que el objeto de interés es blanco y el fondo es negro.

imcoarse = getFullLevel(bim,clevel); graycoarse = rgb2gray(imcoarse); bwcoarse = imbinarize(graycoarse); mask = imcomplement(bwcoarse); 

Cree una máscara que contenga.bigimage Utilice la misma referencia espacial que la imagen grande original.

bmask = bigimage(mask,'SpatialReferencing',clevelLims); 

Muestre la máscara.

figure bigimageshow(bmask); 

Superponga la máscara en el original .bigimage Para resaltar todos los bloques que contienen al menos un píxel de máscara distinto de cero, especifique un umbral de inclusión de .0

showmask(bshow,bmask,'InclusionThreshold',0); 

Argumentos de entrada

contraer todo

Se muestran datos de imagen grande, especificados como un objeto.bigimageshow La propiedad especifica los datos de imagen grande.Cdata

Máscara, especificada como un objeto de resolución única con unbigimage ClassUnderlying valor de propiedad de .logical Las extensiones espaciales de la máscara deben ser las mismas que los datos de imagen grande en el nivel de resolución mostrado.

Nivel de resolución en el que se muestran los datos de imagen grande, especificados como un entero positivo.

Argumentos de par nombre-valor

Especifique pares opcionales separados por comas de argumentos. es el nombre del argumento y es el valor correspondiente. deben aparecer entre comillas.Name,ValueNameValueName Puede especificar varios argumentos de par de nombre y valor en cualquier orden como .Name1,Value1,...,NameN,ValueN

Ejemplo: showmask(b,mask,'InclusionThreshold',0.4)

Tamaño de bloque de los datos de imagen, especificado como el par separado por comas que consta de y un vector 1 por 2 de enteros positivos del formulario.'BlockSize'[numrows numcols] El valor predeterminado es igual a la propiedad del objeto en .BlockSizebigimageb

Umbral de inclusión, especificado como el par separado por comas que consta de y un número en el intervalo [0, 1].'InclusionThreshold' El umbral de inclusión indica la fracción mínima de píxeles distintos de cero en un bloque de máscara necesario para considerar el bloque de máscara como ROI.

  • Cuando el umbral de inclusión es , la función muestra un bloque de máscara como ROI cuando al menos un píxel en el bloque de máscara es distinto de cero.0showmask

  • Cuando el umbral de inclusión es , la función muestra un bloque de máscara como ROI solo cuando todos los píxeles del bloque de máscara son distintos de cero.1showmask

Transparencia de máscara, especificada como el par separado por comas que consta de y un número en el rango [0, 1].'Alpha' Un valor de significa que la máscara es completamente opaca y un valor de significa que la máscara es completamente transparente.10

Sugerencias

  • Cuando se llama por primera vez, la función calcula la relación de píxeles de máscara distintos de cero a cero para cada bloque en el nivel más fino del cuadro mostrado.showmaskbigimage Este cálculo tarda algún tiempo en completarse, por lo que puede haber algún retraso al mostrar la máscara. Al realizar llamadas posteriores a , la función reutiliza los valores de inclusión calculados y actualiza la máscara mostrada más rápidamente.showmask

Introducido en R2019b