edfread

Leer datos del archivo EDF/EDF+

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Sintaxis

data = edfread(filename)
data = edfread(filename,Name,Value)
[data,annotations] = edfread(___)

Descripción

data = edfread(filename) lee el archivo de Formato Europeo de Datos (EDF) o EDF+ especificado en filename en un horario, data.

ejemplo

data = edfread(filename,Name,Value) lee el archivo en un horario con opciones adicionales especificadas por uno o más argumentos de par nombre-valor.

ejemplo

[data,annotations] = edfread(___) también devuelve las anotaciones presentes en los registros de datos.

Ejemplos

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Lea los datos del archivo EDF example.edf en un horario. El archivo contiene dos señales, ECG y ECG2. Cada señal contiene seis registros de datos y cada registro de datos tiene una duración de 10 segundos.

tt = edfread('example.edf')
tt=6×2 timetable
    Record Time          ECG               ECG2      
    ___________    _______________    _______________

    0 sec          {1280×1 double}    {1280×1 double}
    10 sec         {1280×1 double}    {1280×1 double}
    20 sec         {1280×1 double}    {1280×1 double}
    30 sec         {1280×1 double}    {1280×1 double}
    40 sec         {1280×1 double}    {1280×1 double}
    50 sec         {1280×1 double}    {1280×1 double}

Cree un objeto edfinfo que contenga información sobre example.edf. Compruebe que las señales tienen los nombres esperados. Extraiga las tasas de muestreo de las señales utilizando las propiedades DataRecordDuration y NumSamples del objeto.

info = edfinfo('example.edf');

info.SignalLabels
ans = 2×1 string
    "ECG"
    "ECG2"


fs = info.NumSamples/seconds(info.DataRecordDuration)
fs = 2×1

   128
   128

Represente el primer registro de la primera señal. Para obtener más información acerca del acceso a los datos de las tablas, consulte Acceder a datos en tablas.

recnum = 1;
signum = 1;
t = (0:info.NumSamples(signum)-1)/fs(signum);
y = tt.(signum){recnum};

plot(t,y)
legend(strcat("Record ",int2str(recnum), ...
    ", Signal ",info.SignalLabels(signum)))
hold on

Extraiga y represente el quinto registro de la segunda señal.

recnum = 5;
signum = 2;
t = (0:info.NumSamples(signum)-1)/fs(signum);
y = tt.(signum){recnum};

plot(t,y, ...
    'DisplayName',strcat("Record ",int2str(recnum), ...
    ", Signal ",info.SignalLabels(signum)))
hold off
xlabel('t (seconds)')

Figure contains an axes object. The axes object with xlabel t (seconds) contains 2 objects of type line. These objects represent Record 1, Signal ECG, Record 5, Signal ECG2.

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Cree un objeto edfinfo para obtener información acerca del archivo EDF example.edf. Extraiga el número de registros y los nombres de las variables que se incluyen en el archivo.

info = edfinfo('example.edf');

nrec = info.NumDataRecords
nrec = 
6

vars = info.SignalLabels
vars = 2×1 string
    "ECG"
    "ECG2"

Lea los registros segundo y quinto que correspondan a la variable ECG2. Devuelva las señales como horarios con filas de tiempos que correspondan a los tiempos de muestreo de la señal. Exprese la información de tiempo como arreglos datetime.

data = edfread('example.edf', ...
    'SelectedDataRecords',[2 5],'SelectedSignals',"ECG2", ...
    'DataRecordOutputType','timetable','TimeOutputType','datetime')
data=2×1 timetable
        Record Time                ECG2       
    ____________________    __________________

    10-Oct-2020 12:02:28    {1280×1 timetable}
    10-Oct-2020 12:02:58    {1280×1 timetable}

Cambie el nombre de las filas de tiempo a "Date and Time" y el nombre de la variable a "Electrocardiogram".

data.Properties.DimensionNames = ["Date and Time" "Variables"];
data.Properties.VariableNames = "Electrocardiogram";

data
data=2×1 timetable
       Date and Time        Electrocardiogram 
    ____________________    __________________

    10-Oct-2020 12:02:28    {1280×1 timetable}
    10-Oct-2020 12:02:58    {1280×1 timetable}

Argumentos de entrada

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Nombre del archivo EDF o EDF+, especificado como un vector de caracteres o un escalar de cadena.

Dependiendo de la ubicación del archivo, filename puede tener una de estas formas.

Ubicación

Forma

Carpeta actual o carpeta en la ruta de MATLAB®

Especifique el nombre del archivo en filename.

Ejemplo: 'data.edf'

Archivo en una carpeta

Si el archivo no se encuentra en la carpeta actual o en una carpeta en la ruta de MATLAB, especifique el nombre completo o relativo de la ruta.

Ejemplo: 'C:\myFolder\data.edf'

Ejemplo: 'myDir\myFile.ext'

Nota

edfread no es compatible con los archivos EDF EyeLink®.

Tipos de datos: char | string

Argumentos de par nombre-valor

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Especifique pares de argumentos opcionales como Name1=Value1,...,NameN=ValueN, donde Name es el nombre del argumento y Value es el valor correspondiente. Los argumentos de nombre-valor deben aparecer después de otros argumentos. Sin embargo, el orden de los pares no importa.

En las versiones anteriores a la R2021a, utilice comas para separar cada nombre y valor, y encierre Name entre comillas.

Ejemplo: 'SelectedSignals',["Thorax" "Abdomen"],'SelectedDataRecords',[2 7],'TimeOutputType','datetime' dirige instrucciones a edfread para que lea los registros de datos segundo y séptimo que corresponden a las señales Thorax y Abdomen y devuelve la información de tiempo como arreglos datetime.

Nombres de señales para leer, especificados como pares separados por comas que consisten en 'SelectedSignals' y un vector de cadena o un arreglo de celdas de vectores de caracteres.

  • 'SelectedSignals' debe ser un subconjunto de los nombres de las señales que se incluyen en el archivo. Para conseguir los nombres de todas las señales del archivo, cree un objeto edfinfo y utilice la propiedad SignalLabels.

  • Si no se especifica este argumento, edfread lee todas las señales en el archivo.

Ejemplo: ["Thorax 1" "Abdomen 3"] y {'Thorax 1' 'Abdomen 3'} especifican Thorax 1 y Abdomen 3 como las señales que leer de un archivo.

Tipos de datos: char | string

Índices de registros para leer, especificados como pares separados por comas que consisten en 'SelectedDataRecords' y un vector de enteros positivos. Los enteros en un vector deben ser únicos e ir en aumento.

  • 'SelectedDataRecords' debe ser un subconjunto de registros de datos incluido en el archivo. Para ver cuántos registros hay en el archivo, cree un objeto edfinfo y utilice la propiedad NumDataRecords. De forma alternativa, lea el archivo entero y utilice la función height de MATLAB.

  • Si no se especifica este argumento, edfread lee todos los registros de datos del archivo.

Tipos de datos: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64

Tipo de datos de salida, especificados como pares separados por comas que consisten en 'DataRecordOutputType' y 'vector' o 'timetable'.

  • 'vector': devuelve las señales en data como vectores.

  • 'timetable': devuelve las señales en data como tablas con filas de tiempo que corresponden a tiempos de muestreo.

Tipos de datos: char | string

Tipo de tiempo de salida, especificado como par separado por comas que consta de 'TimeOutputType' y 'duration' o 'datetime'.

  • 'duration': devuelve la información de tiempo en data como arreglos de duration.

  • 'datetime': devuelve la información de tiempo en data como arreglos de datetime.

Tipos de datos: char | string

Argumentos de salida

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Datos de salida, devueltos como horario. Cada fila de data corresponde a un registro y cada variable de data corresponde a una señal.

  • Si 'DataRecordOutputType' se especifica como 'vector', el segmento de señal para cada registro de datos se devuelve como un vector.

  • Si 'DataRecordOutputType' se especifica como 'timetable', el segmento de señal para cada registro de datos se devuelve como un horario con filas de tiempo que corresponden a tiempos de muestreo de señal.

Cada fila de tiempo de data contiene el tiempo de inicio de cada registro de datos correspondiente.

  • Si 'TimeOutputType' se establece en 'duration', el tiempo de inicio de cada registro es relativo al tiempo de inicio del registro del archivo.

  • Si 'TimeOutputType' se establece en 'datetime', el tiempo de inicio de cada registro es el tiempo de inicio absoluto.

Anotaciones de registros, devueltas como horario. El horario contiene estas variables:

  • Onset: tiempo en el que ocurrió la anotación. El tipo de datos de Onset depende del valor especificado para 'TimeOutputType'.

  • Annotations: una cadena que contiene el texto de la anotación.

  • Duration: un escalar de duración que indica la duración del evento descrito por la anotación. Si el archivo no especifica una duración de la anotación, esta variable se devuelve como NaN.

Referencias

[1] Kemp, Bob, Alpo Värri, Agostinho C. Rosa, Kim D. Nielsen, and John Gade. “A Simple Format for Exchange of Digitized Polygraphic Recordings.” Electroencephalography and Clinical Neurophysiology 82, no. 5 (May 1992): 391–93. https://doi.org/10.1016/0013-4694(92)90009-7.

[2] Kemp, Bob, and Jesus Olivan. "European Data Format 'plus' (EDF+), an EDF Alike Standard Format for the Exchange of Physiological Data." Clinical Neurophysiology 114, no. 9 (2003): 1755–1761. https://doi.org/10.1016/S1388-2457(03)00123-8.

Historial de versiones

Introducido en R2020b

Consulte también

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Sitios web externos