ご自身でどのようなことを試されたのか、コード例なども交えて記載いただけるとよろしいかと思います。
参考までに矩形波をなまらせて周波数解析した例をご紹介します。
Fs = 100;
f = 2;
t = 0:1/Fs:1;
x = double(sin(2*pi*f*t)>=0);
plot(t,x);
xlabel('Time (s)'); ylabel('Amplitude');
alpha = 0.4;
b = alpha;
a = [1 alpha-1];
xhat = filter(b,a,x);
hold on;
plot(t,xhat);
legend('Square wave','Filtered square wave');
figure;
periodogram(x,hamming(length(x)),512,Fs);
hold on;
periodogram(xhat,hamming(length(x)),512,Fs);
hAxes = gca;
hAxes.Children(2).Color = 'red';
legend('Square wave','Filtered square wave');