SimBiology ofrece apps y herramientas programáticas para modelar, simular y analizar sistemas dinámicos, enfocadas en farmacología cuantitativa de sistemas (QSP), farmacocinética con base fisiológica (PBPK) y aplicaciones de farmacocinética y farmacodinamia (PK/PD). Puede crear modelos interactivamente con el editor de diagramas de bloques de SimBiology o de forma programática con el lenguaje de MATLAB. Los modelos se pueden crear desde cero, importar como archivos con formato SBML o a partir de ejemplos de modelos proporcionados en SimBiology.

SimBiology proporciona una serie de técnicas para analizar modelos basados en EDO que varían en complejidad y tamaño. Puede ejecutar simulaciones para determinar la viabilidad de objetivos, predecir la eficacia y seguridad de fármacos, e identificar regímenes de posología óptimos. Puede identificar protocolos y parámetros clave mediante análisis de sensibilidad local y global, así como evaluar la variabilidad biológica ejecutando barridos de parámetros. Para estimar parámetros, puede ajustar los datos empleando técnicas de regresión no lineal y efectos mixtos no lineales, así como realizar análisis no compartimental (NCA).