SimBiology

 

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Modele, simule y analice sistemas biológicos

Duración del vídeo 2:46
SimBiology Model Builder muestra un modelo de plasma en la ventana “Diagram”, en el centro. A la izquierda aparece el panel “Browser”, y a la derecha “Property Editor”.

Cree modelos de QSP, PBPK y PK/PD

Cree modelos en SimBiology Model Builder como si los estuviera dibujando en una hoja de papel, o importe modelos SBML existentes. Utilice objetos de dosis y variantes para aplicar estrategias de posología (10:00) y guardar valores de cantidad alternativos.

SimBiology Model Analyzer muestra una gráfica del peso de un tumor a lo largo del tiempo. A la izquierda aparece el panel “Browser”, que muestra detalles del proyecto, y a la derecha “Property Editor”, donde se han seleccionado las respuestas que se desean observar.

Simule el comportamiento de modelos

Realice simulación con diversos solvers determinísticos y estocásticos empleando SimBiology Model Analyzer o herramientas programáticas. La conversión automática de unidades permite expresar todas las cantidades con un sistema de unidades uniforme. Genere informes a partir de análisis.

Gráfica de 4x1 que muestra el intervalo de confianza del 95% para cuatro estimaciones de parámetros diferentes.

Ajuste datos para estimar parámetros

Estime parámetros utilizando regresión no lineal con métodos locales, globales o híbridos. Calcule intervalos de confianza de parámetros y predicciones. Tenga en cuenta efectos fijos y aleatorios en modelado de NLME.

Realice simulaciones Montecarlo

Realice barridos de parámetros y simulaciones Montecarlo para evaluar el comportamiento de un modelo en diferentes condiciones y regímenes de posología. Utilice controles deslizantes interactivos para observar cómo la variación de cantidades afecta a la respuesta del modelo.

Análisis de sensibilidad global y local

Explore los efectos de variaciones en las cantidades del modelo sobre la respuesta de modelos realizando análisis de sensibilidad. SimBiology permite realizar análisis globales, de Montecarlo y locales basados en la derivada.

Dos figuras, A y B, que muestran datos de concentración y tiempo. La Figura A muestra los datos en una escala lineal e ilustra cómo se calcula el AUC desde el tiempo cero hasta el infinito. La Figura B muestra los mismos datos en una escala semilogarítmica.

Análisis no compartimental

Calcule parámetros PK a partir del curso temporal de concentraciones de un fármaco sin necesidad de asumir un modelo compartimental. Realice NCA en datos experimentales y de simulación para uno o múltiples esquemas de posología.

Equipo de escritorio que ejecuta MATLAB con flechas que apuntan a servidores en un icono de nube, que indica que se está utilizando cálculo paralelo para acelerar el flujo de trabajo.

Acelere las simulaciones

Acelere simulaciones de modelos de gran tamaño o Montecarlo realizando conversión a código C compilado. Mejore aún más el rendimiento distribuyendo las simulaciones entre múltiples núcleos, clusters o recursos de la nube con Parallel Computing Toolbox.

Comparta modelos en forma de apps web

Cree apps en App Designer, empaquételas con MATLAB Compiler, y alójelas con MATLAB Web App Server. Otros colaboradores pueden acceder a las apps y ejecutarlas en un navegador, sin necesidad de instalar software.

Herramienta comunitaria Model Debugger para SimBiology.

Herramientas de la comunidad de usuarios

Utilice SimBiology de forma programática con scripts de MATLAB para personalizar y automatizar análisis. Las herramientas aportadas por la comunidad de usuarios se pueden utilizar como complementos para análisis de modelos, tales como simulaciones de poblaciones virtuales.

Preguntas frecuentes sobre SimBiology

SimBiology es una herramienta basada en MATLAB que proporciona apps y herramientas programáticas para modelar, simular y analizar sistemas dinámicos, con énfasis en la farmacología de sistemas cuantitativa (QSP), la farmacocinética basada en la fisiología (PBPK) y las aplicaciones farmacocinéticas/farmacodinámicas (PK/PD).

Puede crear modelos de forma interactiva usando el editor de diagramas de bloques SimBiology Model Builder o programáticamente con MATLAB. Los modelos pueden crearse desde cero, importarse como archivos en formato SBML o basarse en los ejemplos de modelos incluidos en SimBiology.

SimBiology admite una variedad de análisis, incluyendo simulaciones para evaluar la viabilidad del objetivo y predecir la eficacia del fármaco, análisis de sensibilidad locales y globales, barridos de parámetros, estimación de parámetros mediante regresión no lineal y técnicas de efectos mixtos no lineales, y análisis no compartimental (NCA).

SimBiology Model Analyzer se utiliza para simular modelos con solucionadores deterministas y estocásticos, calibrar modelos con datos y realizar análisis como análisis de sensibilidad y simulaciones de Monte Carlo.

Sí, puede estimar parámetros usando regresión no lineal con métodos locales, globales o híbridos, calcular intervalos de confianza para parámetros y predicciones, y tener en cuenta tanto efectos fijos como aleatorios mediante modelado NLME.

Puede acelerar modelos grandes o simulaciones de Monte Carlo convirtiéndolos en código C compilado y mejorar aún más el rendimiento distribuyéndolos en varios núcleos, clústeres o recursos en la nube con Parallel Computing Toolbox.

Sí, puede crear apps en App Designer, empaquetarlas con MATLAB Compiler y alojarlas con MATLAB Web App Server para que los colaboradores puedan acceder y ejecutar las apps en un navegador sin instalar ningún software.

El análisis no compartimental (NCA) permite calcular parámetros farmacocinéticos a partir de la evolución temporal de las concentraciones del fármaco sin asumir un modelo compartimental, y puede realizarse tanto con datos experimentales como con datos de simulación para regímenes de dosificación única o múltiple.

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