La toolbox incluye funciones para realizar transformaciones geométricas simples, como ampliación/reducción, rotación y recorte, así como transformaciones geométricas proyectivas y afines más complejas. Además, la toolbox cuenta con funciones para alinear un par de imágenes automáticamente mediante técnicas de correlación de intensidades, coincidencia de rasgos o correspondencia de puntos de control.