La caja de herramientas admite funciones para realizar transformaciones geométricas simples, como el cambio de tamaño, la rotación y el recorte, así como transformaciones geométricas afines y proyectivas más complejas. La caja de herramientas también proporciona herramientas para alinear un par de imágenes automáticamente mediante correlación de intensidad, coincidencia de entidades o técnicas de asignación de puntos de control.