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niftiwrite

Escribir volumen en un archivo utilizando el formato NIfTI

Sintaxis

niftiwrite(V,filename)

niftiwrite(V,filename,info)

niftiwrite(V,filename,info,Name,Value)

Descripción

niftiwrite(V,filename) escribe los datos volumétricos de la imagen en un archivo mediante el formato De la Iniciativa de Tecnología Informática de Neuroimagen (NIfTI).V De forma predeterminada, crea un archivo NIfTI combinado que contiene metadatos y datos volumétricos. nombra el archivo, añadiendo la extensión de archivo. rellena los metadatos con los valores predeterminados adecuados y las propiedades de volumen, como el tamaño y el tipo de datos.niftiwriteniftiwritefilename.niiniftiwrite

soporta los formatos de archivo y los. es el formato de archivo predeterminado.niftiwriteNIfTI1NIfTI2NIfTI1 Para escribir datos NifTI en el formato, utilice la sintaxis con argumentos de par.NIfTI2Name,Value Especifique el argumento como .Version'NIfTI2'

niftiwrite(V,filename,info) escribe los datos volumétricos en un archivo, incluidos los metadatos del archivo de .Vinfo Si los metadatos no coinciden con el contenido y el tamaño de la imagen, devuelve un error.niftiwrite

niftiwrite(V,filename,info,Name,Value) escribe los datos volumétricos en un archivo, utilizando las opciones especificadas en pares.Name,Value

Ejemplos

Escribir volumen filtrado por mediana en el archivo NIfTI

Cargue una imagen NIfTI utilizando su nombre de archivo..nii

V = niftiread('brain.nii');

Filtre la imagen en 3D utilizando un filtro mediano de 3 por 3.

V = medfilt3(V);

Escriba la imagen filtrada en un archivo, utilizando los valores de encabezado predeterminados..nii

niftiwrite(V,'outbrain.nii');

Escribir datos en el archivo NIfTI y modificar la estructura del encabezado

Lea los metadatos de un archivo NIfTI utilizando su nombre de archivo..nii

info = niftiinfo('brain.nii');

Lea los datos volumétricos del archivo mediante los metadatos del archivo.

V = niftiread(info);

Edite el campo de metadatos del archivo.Descripción

info.Description = 'Modified using MATLAB R2017b';

Escriba los datos volumétricos con los metadatos modificados en un archivo nuevo..nii

niftiwrite(V,'outbrain.nii',info);

Argumentos de entrada

filename — Nombre del archivo NIfTI

vector de caracteres | cuerda escalar

Nombre del archivo NIfTI, especificado como un vector escalar o de caracteres de cadena. De forma predeterminada, crea un archivo de formato combinado que contiene metadatos y datos de imagen y tiene la extensión de archivo .niftiwrite.nii Si especifica el par nombre-valor, agrega la extensión de archivo .'Compressed'niftiwrite.nii.gz Si establece el par nombre-valor en , crea dos archivos con el mismo nombre y diferentes extensiones de archivo.'Combined'falseniftiwrite Un archivo contiene los metadatos asociados con el volumen y tiene la extensión de archivo ..hdr El otro archivo contiene datos de imagen y tiene la extensión de archivo ..img

Tipos de datos: char | string

V — Datos volumétricos

matriz numérica

Datos volumétricos, especificados como una matriz numérica.

Tipos de datos: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

info — Metadatos de archivo

Estructura

Metadatos de archivo, especificados como una estructura devuelta por la función.niftiinfo

Tipos de datos: struct

Argumentos de par nombre-valor

Especifique pares opcionales separados por comas de argumentos. es el nombre del argumento y es el valor correspondiente. deben aparecer entre comillas.Name,ValueNameValueName Puede especificar varios argumentos de par de nombre y valor en cualquier orden como .Name1,Value1,...,NameN,ValueN

Ejemplo: niftiwrite(V,'outbrain.nii','Compressed',true)

'Combined' — Tipo de archivo NIfTI para crear

true (predeterminado) | false

Tipo de archivo NIfTI que se creará, especificado como o .truefalse Si (valor predeterminado), crea un único archivo con la extensión de archivo .trueniftiwrite.nii Si , crea un par de archivos con el mismo nombre pero con diferentes extensiones de archivo: para el archivo que contiene metadatos y para el archivo que contiene los datos volumétricos.falseniftiwrite.hdr.img

Tipos de datos: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

'Compressed' — Comprimir datos de imagen

false (predeterminado) | true

Comprimir datos de imagen, especificados como o .truefalse Si es , genera archivos comprimidos, utilizando gzip, con la extensión de nombre de archivo . 'Compressed'trueniftiwrite.gz

Tipos de datos: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

'Endian' — Endianidad de los datos

'little' (predeterminado) | 'big'

Endianidad de los datos, especificado como , para indicar el formato little-endian (predeterminado) o , para indicar el formato big-endian.'little''big'

Tipos de datos: char | string

'Version' — formato de datosNIfTI

'NIfTI1' | 'NIfTI2'

formato de datos, especificado como o .NIfTI'NIfTI1''NIfTI2'

• Si se especifica como , escribe la entrada según el formato de datos.'NIfTI1'niftiwriteNIfTI1

• Si se especifica como , escribe la entrada según el formato de datos.'NIfTI2'niftiwriteNIfTI2

• Si no se especifica, el valor predeterminado para se elige en función de la dimensión máxima de los datos volumétricos de entrada.'Version'

  • Si la dimensión máxima de la entrada es menor o igual que 32767, el valor predeterminado es .NIfTI1

  • Si la dimensión máxima de la entrada es mayor que 32767, el valor predeterminado es .NIfTI2

Tipos de datos: char | string

Referencias

[1] Cox, R. W., J. Ashburner, H. Breman, K. Fissell, C. Haselgrove, C. J. Holmes, J. L. Lancaster, D. E. Rex, S. M. Smith, J. B. Woodward, and S. C. Strother. "A (sort of) new image data format standard: NiFTI-1." 10th Annual Meeting of Organisation of Human Brain Mapping, Budapest, Hungary, June 2004.

Consulte también

niftiinfo | niftiread

Introducido en R2017b

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