niftiwrite

Escribir un volumen en un archivo usando el formato NifTI

Sintaxis

niftiwrite(V,filename)

niftiwrite(V,filename,info)

niftiwrite(V,filename,info,Name=Value)

Descripción

niftiwrite(V,filename) escribe los datos de imágenes volumétricas V en un archivo usando el formato Neuroimaging Informatics Technology Initiative (NIfTI). De forma predeterminada, niftiwrite crea un archivo NIfTI combinado que contiene tanto los metadatos como los datos volumétricos utilizando el formato NIfTI1. niftiwrite nombra el archivo filename, añadiéndole la extensión de archivo .nii. niftiwrite propaga los metadatos usando valores predeterminados y propiedades del volumen apropiados, como el tamaño y el tipo de datos.

niftiwrite(V,filename,info) también incluye los metadatos de archivo de info. Si los metadatos no coinciden con el contenido y el tamaño de la imagen, niftiwrite devuelve un error.

niftiwrite(V,filename,info,Name=Value) especifica opciones adicionales con uno o más argumentos nombre-valor. Por ejemplo, especifique Version="NIfTI2" para escribir los datos en un archivo con el formato de archivo NIfTI2.

Ejemplos

Escribir un volumen filtrado con filtro de mediana en un archivo NIfTI

Lea un volumen de imagen de un archivo NIfTI.

V = niftiread("brain.nii");

Filtre la imagen 3D usando un filtro de mediana de 3 por 3.

V = medfilt3(V);

Escriba la imagen filtrada en un archivo NIfTI usando valores predeterminados de cabecera.

niftiwrite(V,"outbrain.nii");

Escribir datos en un archivo NIfTI y modificar la estructura del encabezado

Lea los metadatos de un archivo NIfTI usando su nombre de archivo .nii.

info = niftiinfo('brain.nii');

Lea los datos volumétricos del archivo utilizando los metadatos del archivo.

V = niftiread(info);

Edite el campo de metadatos Description del archivo.

info.Description = 'Modified using MATLAB R2017b';

Escriba los datos volumétricos con los metadatos modificados en un archivo .nii nuevo.

niftiwrite(V,'outbrain.nii',info);

Escribir un archivo NIfTI comprimido

En este ejemplo se muestran dos enfoques para escribir los datos de volumen en archivos NIfTI comprimidos.

Lea un volumen de un archivo NIfTI.

V = niftiread("brain.nii");

Escriba el volumen en un archivo NIfTI comprimido especificando un nombre de archivo que incluya la extensión .nii.gz.

niftiwrite(V,"outbrain.nii.gz")

De forma alternativa, puede escribir un archivo comprimido especificando el argumento nombre-valor Compressed como true.

niftiwrite(V,"outbrain","Compressed",true)

Argumentos de entrada

filename — Nombre del archivo NIfTI

vector de caracteres | escalar de cadena

Nombre del archivo NIfTI, especificado como escalar de cadena o vector de caracteres. De forma predeterminada, niftiwrite crea un archivo de formato combinado que contiene tanto metadatos como datos de imagen con la extensión .nii.

• Si especifica un nombre de archivo con la extensión .nii.gz o si especifica el argumento nombre-valor Compressed como true, niftiwrite escribe un archivo comprimido con la extensión .nii.gz.

• Si especifica el argumento nombre-valor Combined como false, niftiwrite crea dos archivos con el mismo nombre y diferentes extensiones de archivo. Un archivo contiene los metadatos asociados al volumen y tiene la extensión de archivo .hdr. El otro archivo contiene los datos de imagen y tiene la extensión de archivo .img.

Tipos de datos: char | string

V — Datos de volumétricos

Arreglo numérico

Datos volumétricos, especificados como arreglo numérico.

Tipos de datos: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

info — Metadatos del archivo

Estructura

Metadatos del archivo NIfTI, especificados como una estructura devuelta por la función niftiinfo.

Tipos de datos: struct

Argumentos de par nombre-valor

Especifique pares de argumentos opcionales como Name1=Value1,...,NameN=ValueN, donde Name es el nombre del argumento y Value es el valor correspondiente. Los argumentos de nombre-valor deben aparecer después de otros argumentos. Sin embargo, el orden de los pares no importa.

Ejemplo: niftiwrite(V,filename,Version="NIfTI2") escribe los datos en un archivo con el formato de archivo NIfTI2.

En las versiones anteriores a la R2021a, utilice comas para separar cada nombre y valor, y encierre Name entre comillas.

Ejemplo: niftiwrite(V,filename,"Version","NIfTI2")

Combined — Tipo del archivo NIfTI que se desea crear

true (predeterminado) | false

Tipo del archivo NIfTI que se desea crear, especificado como true o false. Si el valor es true, niftiwrite crea un solo archivo con la extensión de archivo .nii. Si es false, niftiwrite crea dos archivos con el mismo nombre, pero con extensiones de archivo diferentes: .hdr para el archivo que contiene los metadatos y .img para el archivo que contiene los datos de imágenes volumétricas.

Tipos de datos: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

Compressed — Comprimir datos de imagen

false (predeterminado) | true

Comprimir datos de imagen, especificado como true o false. Si Compressed es true, niftiwrite genera un archivo comprimido utilizando gzip con la extensión de archivo .nii.gz.

Tipos de datos: single | double | int8 | int16 | int32 | int64 | uint8 | uint16 | uint32 | uint64 | logical

Endian — Endianismo de los datos

"little" (predeterminado) | "big"

Endianismo de los datos, especificado como uno de estos valores.

• "little" especifica un formato Little Endian.

• "big" especifica un formato Big Endian.

Tipos de datos: char | string

Version — Formato de los datos NIfTI

"NIfTI1" | "NIfTI2"

Formato de los datos NIfTI, especificado como uno de estos valores.

• "NIfTI1" para escribir el archivo usando el formato NIfTI1.

• "NIfTI2" para escribir el archivo usando el formato NIfTI2.

• Si Version no se especifica, el valor predeterminado se determina con la dimensión máxima de los datos volumétricos de entrada.

  • Si la dimensión máxima de la entrada es inferior o igual a 32767, el valor predeterminado es NIfTI1.

  • Si la dimensión máxima de la entrada es superior a 32767, el valor predeterminado es NIfTI2.

Tipos de datos: char | string

Referencias

[1] Cox, R. W., J. Ashburner, H. Breman, K. Fissell, C. Haselgrove, C. J. Holmes, J. L. Lancaster, D. E. Rex, S. M. Smith, J. B. Woodward, and S. C. Strother. "A (sort of) new image data format standard: NiFTI-1." 10th Annual Meeting of Organisation of Human Brain Mapping, Budapest, Hungary, June 2004.

Historial de versiones

Introducido en R2017b

R2024a: Escribir un archivo comprimido especificando la extensión .nii.gz

Puede escribir un archivo comprimido NIfTI especificando un nombre de archivo con la extensión .nii.gz, sin necesidad de especificar el argumento nombre-valor Compressed. Por ejemplo, este código escribe los datos de volumen de V en un archivo comprimido:

niftiwrite(V,"volume.nii.gz")

En las versiones anteriores a la R2024a, debe especificar el argumento nombre-valor Compressed como true para escribir un archivo comprimido, incluso si el nombre del archivo incluye la extensión .nii.gz.

Consulte también

niftiread | niftiinfo | write (Medical Imaging Toolbox)