Bioinformatics Toolbox ofrece algoritmos y apps para crear cadenas de tareas bioinformáticas, secuenciación de nueva generación (NGS), análisis de microarrays, espectrometría de masas y ontología genética. Puede leer datos genómicos y proteómicos, explorarlos con la app Genomics Viewer y visualizarlos con mapas de calor espaciales y clustergramas. Bioinformatics Toolbox ofrece técnicas de estadísticas, regresión y clasificación,con Statistics and Machine Learning Toolbox. También ofrece técnicas de Deep Learning para crear cadenas de tareas de análisis completas, con Deep Learning Toolbox.

La app Biopipeline Designer permite crear cadenas de tareas bioinformáticas interactivamente para realizar análisis de datos genómicos, localmente o en la nube. Puede utilizar una combinación de bloques de cadenas de tareas bioinformáticas integrados que incorporan librerías de NGS comprobadas y bloques personalizados para ampliar los análisis con herramientas de la comunidad. Puede crear una cadena de tareas para preprocesar lecturas, establecer correspondencias con un genoma de referencia, y realizar análisis estadísticos, tales como análisis de expresión diferencial a partir de datos de RNA-Seq o análisis de datos de ChIP-Seq.