Bioinformatics Toolbox - MATLAB

Bioinformatics Toolbox

 

Bioinformatics Toolbox

Lea, analice y visualice datos genómicos y proteómicos

Cree cadenas de tareas bioinformáticas

Con la app Biopipeline Designer puede crear y ejecutar interactivamente cadenas de tareas bioinformáticas de principio a fin, localmente o en la nube. Cree una cadena de tareas con bloques integrados que incorporan librerías de NGS comprobadas o bloques personalizados para ampliar los análisis con herramientas de la comunidad para cada paso del proceso. Ejecute las cadenas de tareas por lotes y en paralelo, con Parallel Computing Toolbox.

Secuenciación de nueva generación (NGS)

La toolbox ofrece algoritmos y técnicas de visualización para NGS. Por ejemplo, puede preprocesar lecturas, establecer correspondencias con un genoma de referencia, y realizar análisis estadísticos, tales como análisis de expresión diferencial a partir de datos de RNA-Seq o análisis de datos de ChIP-Seq.

Análisis de secuencias

Aplique métodos de análisis de secuencias, tales como secuencia en pares, perfil de secuencias y alineación de múltiples secuencias. Manipule y evalúe las secuencias para obtener una comprensión más profunda de los datos. Realice búsquedas BLAST con secuencias conocidas en bases de datos online o locales.

Análisis de datos de espectrometría de masas

Bioinformatics Toolbox permite analizar datos SELDI, MALDI, LC/MS y GC/MS. Puede suavizar, alinear y normalizar espectros, y emplear técnicas estadísticas, de clasificación y de Machine Learning para crear clasificadores e identificar biomarcadores potenciales.

Análisis de árboles filogenéticos

Genere árboles filogenéticos utilizando enlace jerárquico con diversas técnicas, tales como unión de vecinos, enlace único y completo, y promedio aritmético de grupos de pares no ponderados (UPGMA).

Lectura de datos genómicos y proteómicos

Puede leer datos de archivos con formatos comunes, tales como SAM, BAM, FASTA, FASTQ, GTF y GFF, y de bases de datos online tales como Gene Expression Omnibus de NCBI, GenBank® y Sequence Read Archive. Puede utilizar contenedores de datos especializados para datos demasiado grandes para la capacidad de la memoria.

Algoritmos de estadística y Machine Learning

Bioinformatics Toolbox proporciona funciones que se basan en Statistics and Machine Learning Toolbox, que ofrece herramientas interactivas para selección de características, clasificación, regresión y correspondencia, además de visualización de gráficas de jerarquía y rutas.

Análisis de datos de microarrays

Normalice datos de microarrays empleando diversos métodos. Identifique genes expresados diferencialmente y realice análisis de enriquecimiento de resultados de expresión utilizando ontología genética. Visualice redes de interacción entre genes y proteína-proteína sirviéndose de algoritmos de teoría de grafos.

Despliegue y uso compartido de apps

Convierta un programa de análisis de datos en una aplicación de software personalizada. Cree interfaces de usuario personalizadas, realice integración con aplicaciones C, C++ y Java™ existentes, y despliegue apps independientes.

"MATLAB permite a profesionales de biología aprender suficiente programación y matemáticas sin aprensión al código. Pueden escribir en MATLAB como si fuera su lengua materna".

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